通过16S rRNA qPCR或ddPCR对微生物群中的原核细胞进行绝对量化
Boryana Doyle1, Gabriella Z M Reynolds2, Mai Dvorak3
1School of Medicine, Stanford University, Stanford, CA, USA.
Nature protocols
|May 19, 2025
概括
这项研究提供了一个详细的协议,用于测量肠道微生物样本中的原生生物绝对丰度,使用qPCR或数字滴滴PCR (ddPCR). 这种方法确保了准确的量化,这对于理解微生物组生物学和避免对相对丰度数据的误解至关重要.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 准确的 Prokaryotic 绝对丰度测量对于人类肠道微生物组研究至关重要.
- 大多数研究依赖相对丰富,这可能导致误解.
- 现有的绝对量化方法尚未得到广泛采用.
研究的目的:
- 介绍一个详细的,逐步的协议,用于可复制的绝对定量化便样本中的核细胞.
- 使研究人员能够使用标准的分子生物学工具进行绝对丰度测量.
- 为了对比量化PCR (qPCR) 和数字滴滴PCR (ddPCR) 方法,用于此应用.
主要方法:
- 测量便样本的水分含量.
- 使用qPCR或ddPCR量化16S rRNA基因度.
- 数据分析,包括克服污染等常见陷的策略.
- 将数据转换为每克便中的绝对 Prokaryote 度.
主要成果:
- 该协议在每克湿或干便中产生16SrRNA副本.
- 绝对的 prokaryote 和分类型特定的度可以通过元基因组数据来得出.
- 该协议允许在4天内处理大约80个样本,而无需重新测序.
- 介绍和比较了qPCR和ddPCR两种方法.
结论:
- 该协议提供了一种灵敏而简单的方法,用于测量人类肠道微生物样本中绝对 Prokaryote 度.
- 它通过提供绝对丰度来促进对微生物组数据的更准确的解释.
- 该方法适用于储存有或没有防腐剂的便样本.
