使用Illumina和牛津纳米孔技术进行元编码,为树种菌生物群提供了互补的见解

科学领域:

• 菌类学 菌类学是指菌类学.
• 植物病理学 植物病理学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 传统的真菌培养是劳动密集型的,低估了真菌的多样性.
• 高通量测序 (metabarcoding) 提供了从多个样本同时检测.
• 短读测序 (例如,Illumina) 提供了高深度但许多未识别的类型;长读测序 (例如,牛津纳米孔技术) 改善了分配,但可能具有较低的深度和多样性覆盖.

研究的目的:

• 为了比较传统培养,Illumina短读和牛津纳米孔技术长读元编码用于评估种子传播的真菌.
• 评估不同树宿主和真菌生活方式的真菌多样性 (属,物种) 和社区结构 (α和β多样性).

主要方法:

• 来自11个生苗和生苗树种子的真菌使用了三个方法进行分析:培养,Illumina短读元编码和牛津纳米孔技术长读元编码.
• 在方法和宿主类型之间对真菌属,物种,操作分类单元和多样性指标 (α和β) 的比较分析.

主要成果:

• 无论是短读还是长读的元编码,都将相似的数量的真菌代码分配给了相似的属和物种.
• 大约三分之一的已识别的真菌属是植物病原体;培养发现的总体属较少.
• 长读元编码显示,与短读元编码相比,每个样本的多样性和不同的社区较低.
• 观察到宿主依赖的模式,血管精子比体育精子拥有更多的真菌类,并在宿主之间形成独特的社区结构.

结论:

• 照明和牛津纳米孔技术的元编码捕获了类似的宿主依赖的真菌多样性模式.
• 短读元编码是真菌生物多样性研究的最佳选择,因为其测序深度和多样性更高.
• 长期阅读的元编码显示了未来真菌诊断研究的前景,随着技术的改进.
• 传统的培养仍然很有价值,可以获得用于进一步研究的真菌分离物.