多重聚合酶连锁反应 (PCR) 使用纳米孔测序用于基于测序检测四种小鱼病原体

科学领域:

• 水生动物的健康状况.
• 分子诊断学 分子诊断学
• 这是下一代测序.

背景情况:

• 提拉皮亚水产养殖受到四种主要病原体的威胁:提拉皮亚湖病毒 (TiLV),传染性脏和脏亡病毒 (ISKNV),东方弗朗西塞拉 (Francisella orientalis) 和Streptococcus agalactiae.
• 目前的分子诊断使用多个单复数PCR,这耗时且昂贵.

研究的目的:

• 为四种主要的鱼病原体开发一种快速,同时的诊断方法.
• 将多重PCR (mPCR) 与纳米孔测序相结合,以有效检测病原体.

主要方法:

• 一个单管多重PCR (mPCR) 试验的设计是为了同时放大四种病原体的目标DNA.
• 快速纳米孔测序用于直接分析多重PCR产品.
• 该试验经过验证,可以在单个反应中同时检测和基于测序的确认.

主要成果:

• 在mPCR试验中,TiLV,ISKNV和*S. agalactiae*的检测极限达到1000个副本/反应.
• 对*F. orientalis*的检测极限为10,000个副本/反应.
• 该试验表明,在患病的鱼的临床样本中,该试验具有足够的灵敏度来诊断感染和共感染.

结论:

• 多重PCR与纳米孔测序相结合,为主要的鱼病原体提供了一个快速而精确的诊断平台.
• 这种综合方法为水产养殖中疾病诊断的传统方法提供了有效的替代方案.
• 开发的试验提高了诊断能力,用于管理临床受影响的鱼的疾病.