SlicerMorph:一个开放和可扩展的平台来检索,可视化和分析3D形态
Sara Rolfe1,2, Steve Pieper3, Arthur Porto4,5
1University of Washington, Friday Harbor Marine Laboratories, San Juan, WA.
概括
SlicerMorph是一个新的开源软件扩展,简化了对3D脊椎动物扫描的分析. 它使生物学家能够轻松地对生物体的形式和形状进行定量研究,促进合作和数据共享.
科学领域:
- 进化生物学 进化生物学
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 大规模的数字化项目 (#ScanAllFishes, oVert) 正在生产大量的脊椎动物3D微CT扫描数据.
- 现有的数据存储库 (例如,MorphoSource) 促进了对这些3D标本的开放访问.
- 分析这些数据给生物学家带来了挑战,包括数据转换,3D可视化,细分和测量采集.
研究的目的:
- 开发一个可访问的,开源的软件工具,以简化3D脊椎动物扫描的分析.
- 通过简化从原始图像数据到形态分析的工作流程,促进有机生物学的定量研究.
- 培养利用3D标本数据的生物学家协作社区.
主要方法:
- 开发了SlicerMorph,这是3D Slicer的扩展,这是一个生物医学可视化和分析平台.
- 集成模块用于检索开放式3D模型,注释地标 (基于曲线和补丁),并生成模板.
- 嵌入了用于几何形态分析 (地标驱动和无地标) 和创建3D动画的功能.
- 通过3D成像和形态测量短课程和研讨会提供补充培训.
主要成果:
- SlicerMorph提供了一个全面的工作流程,用于分析3D生物形状,从图像序列到形态空间.
- 该软件解决了数据格式转换,空间尺度保存和注释方面的挑战.
- 使用户能够进行先进的形态测量分析并有效地可视化结果.
结论:
- SlicerMorph使生物生物学家能够更有效地使用3D标本进行定量研究.
- 开源性质和社区支持旨在确保该工具的长期可持续性和可访问性.
- 促进数据交换,协作和更广泛地参与基于3D的生物研究.


