使用TARGET-seq进行高质量的RNA测序,细胞表面蛋白质分析和单细胞基因定型的协议

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 在前恶性和癌症组织中研究体位突变是困难的,因为噪音很大,单细胞转录组数据和识别细胞克隆身份的挑战.
• 现有的方法缺乏全面分析所需的灵敏度和多原子能力.

研究的目的:

• 优化和验证TARGET-seq+以进行增强的单单元分析.
• 结合RNA测序 (RNA-seq),细胞表面蛋白质表达和单细胞的基因定型,提高灵敏度.
• 为研究人员提供详细的协议和分析指南.

主要方法:

• 将TARGET-seq协议优化为TARGET-seq+.这是一个非常好的方法.
• 单细胞RNA测序 (scRNA-seq),细胞表面蛋白质分析和基因定型的整合.
• 开发用于细胞隔离,库准备和测序的协议.
• 关于数据分析的指导,包括转录组预处理和数据集成.

主要成果:

• 在TARGET-seq+中,多原子单细胞分析的灵敏度有所提高.
• 该协议可以在单细胞水平上同时评估转录组,蛋白质组和基因型.
• 在研究前恶性和癌症组织体质突变中的成功应用.

结论:

• TARGET-seq+是一个强大的,优化的工具,用于高灵敏度,多原子单细胞分析.
• 这种方法克服了研究细胞异质性和体突变的先前局限性.
• 提供的协议促进了TARGET-seq+在癌症研究及其他领域的应用.