古老的微生物组反映在从几个世纪的草本植物和相关的土壤中提取的DNA中
Gianluca Grasso1,2,3, Régis Debruyne4, Martino Adamo1
1Department of Life Science and Systems Biology (DBIOS), Università Degli Studi di Torino, Torino, Italy.
古代的土壤微生物可以使用来自百年历史的草本植物根和相关土壤的DNA进行研究. 这种方法揭示了历史微生物多样性和社区集会规则,为过去的生态系统提供了洞察力.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 分子生态学分子生态学
- 古遗传学是古遗传学的一部分.
背景情况:
- 自然历史收藏,就像草本馆一样,包含保存的植物标本与相关的微生物组.
- 古老的土壤和植物相关的微生物群落经常被保留在这些草药馆标本中.
研究的目的:
- 评估使用来自草本植物根的古代土壤来研究历史土壤微生物多样性的可行性.
- 描述从长期草本实验室样本中可回收的DNA保存和分类学多样性.
- 将古老的草本微生物群落与现存的微生物群落进行比较,并了解组装规则.
主要方法:
- 从根球土壤和草本植物 (120岁以上) 的根中提取DNA.
- DNA库的高通量测序.
- 生物信息分析用于比较微生物社区的组成和结构.
主要成果:
- 提取的DNA显示了古代DNA的特征 (例如,细胞因子去胺).
- 草本微生物群落与土壤群落聚集在一起,与其他环境不同.
- 草本社区的生物多样性特征和组装规则反映了现存的土壤和植物相关微生物群的特征.
- 土壤社区比根相关社区更富有,共享大多数种类.
结论:
- 从草药所提取的DNA可以准确地反映原始的植物相关微生物群落.
- 草本馆的保存极小地改变了微生物群体的关键特征.
- 这种方法可以研究历史的土壤微生物多样性和时间动态.
更多相关视频
09:06Removal of Exogenous Materials from the Outer Portion of Frozen Cores to Investigate the Ancient Biological Communities Harbored Inside
Published on: July 3, 2016
09:55Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere
Published on: May 2, 2018
相关概念视频
Applications of Molecular Taxonomy
Modern Molecular Taxonomy
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Microbial Classification System
History of Microbiology
Diversity of Archaea II
