在cfDNA中进行全长克隆免疫球蛋白重排:改善恢复和测序
Rena R Xian1,2, Prisca Mbonu1, Lisa M Haley1
1Department of Pathology, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD, United States.
Clinical chemistry
|May 26, 2025
概括
优化无细胞DNA (cfDNA) 隔离和图书馆准备可以提高在淋巴瘤患者中克隆性免疫球蛋白 (cIg) 序列的检测. 这项研究确定了改善cfDNA中的IGH测序的关键预分析和分析因素.
科学领域:
- 分子瘤学分子瘤学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 在无细胞DNA (cfDNA) 中循环瘤DNA (ctDNA) 是瘤学中的重要生物标志物.
- 在cfDNA中的克隆性免疫球蛋白 (cIg) 序列对于淋巴瘤的诊断和监测至关重要.
- 关于影响cfDNA中cIg检测的预分析和分析变量存在有限的数据.
研究的目的:
- 调查cfDNA分离和下一代测序 (NGS) 库准备对IGH测序的影响.
- 确定最佳的协议,以提高cfDNA中的cIg检测.
主要方法:
- 评估了两种使用可变血体积的cfDNA分离方法 (偏磁珠与自旋柱).
- 评估了两个使用可变cfDNA输入的NGS图书馆准备程序 (单纯与双净化).
- 分析了来自118名健康捐赠者和淋巴瘤患者的血.
主要成果:
- 偏磁珠隔离产生了比旋柱更高的cfDNA恢复.
- 增加cfDNA纯度与可复制cIg序列检测相关.
- NGS图书馆的准备影响了IGH测序指标,包括阅读深度和多样性.
- 一个修改后的双图书馆净化改进了目标读取深度.
结论:
- 这项研究是首次系统地评估影响cfDNA中免疫球蛋白测序的因素.
- 优化的cfDNA隔离和库编制显著改善了克隆性免疫球蛋白重组的检测.
