新兴模型生物中的ATAC-seq:挑战和战略
Duğçar Ebrar Erdoğan1,2, Shadi Karimifard3,4, Mozhgan Khodadadi5
1Department of Developmental Biology, Göttingen Center for Molecular Biosciences (GZMB), University of Göttingen, Göttingen, Germany.
概括
优化新型模型生物的转化酶可访问染色体测试与测序 (ATAC-seq) 需要仔细注意核的隔离和图书馆放大. 适当的样本保存,比如在细胞培养基中使用同质化物而不是直接冷保存,对于可靠的染色质可访问性数据至关重要.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 用测序 (ATAC-seq) 检测转化酶可访问染色质是一种强大的工具,用于绘制全基因组染色质可访问性.
- 它在新兴模型系统中的应用,特别是关节动物,面临着与组织可用性,协议优化和基因组质量相关的挑战.
- 调整ATAC-seq需要解决特定的技术障碍,以确保高质量的数据.
研究的目的:
- 为新兴模型生物提供关于优化ATAC-seq协议的详细指导.
- 突出影响数据质量的关键步骤,包括核隔离,转移酶化和库放大.
- 提供关于生物信息质量控制和样本保存方法对ATAC-seq数据的影响的见解.
主要方法:
- 详细检查关键的ATAC-seq协议步骤:核隔离,Tn5转移酶化和PCR放大.
- 对不同样本保存方法 (新鲜组织,冷保存,细胞培养基中的同质化) 对染色质完整性的评估.
- 对ATAC-seq数据的生物信息分析,重点是质量检查点.
主要成果:
- 在蜘蛛和物种中ATAC-seq的成功适应证明了该协议的多功能性.
- 最佳的核隔离和图书馆放大条件对于获得高质量的测序数据至关重要.
- 组织的直接冷保存会对染色质的完整性产生负面影响,而在细胞培养基中保持同质性会减轻这种影响.
结论:
- 精心规划,协议优化和严格的质量控制对于在新兴模型生物中成功实施ATAC-seq至关重要.
- 该研究为新研究ATAC-seq的研究人员提供了实用建议,特别是那些与非模型物种工作的研究人员.
- 优化的ATAC-seq可以有效地绘制监管格局,并在多种基因组中识别基因监管元素.
