来自台湾的早期成熟的 Macrobrachium rosenbergii (巨型淡水) 的转录组概况
Sofia Priyadarsani Das1, Yu-Ru Lin1, Yu-Sheng Wu2
1Department of Aquaculture, National Taiwan Ocean University, Keelung, Taiwan.
Scientific data
|June 3, 2025
概括
这项研究测序了感染传染性早熟性病毒 (IPV) 的巨型淡水 (Macrobrachium rosenbergii) 的转录组. 它提供了一种基因资源,以了解这种水产养殖物种的早期青春期和生长变异.
科学领域:
- 水产养殖是水产养殖的一种方式.
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 巨型淡水 (Macrobrachium rosenbergii) 水产养殖面临的挑战包括生殖质降解和病毒感染,如传染性早发性病毒 (IPV).
- 了解IPV感染的遗传基础及其对发展的影响对于可持续水产养殖至关重要.
研究的目的:
- 为特定阶段IPV感染的M. rosenbergii卵巢生成一个全面的转录组数据集.
- 建立一个基础的遗传资源,用于未来研究早期青春期和M. rosenbergii.的生长变异.
主要方法:
- 使用Illumina Novaseq 6000对IPV感染的M. rosenbergii卵巢组织进行转录组测序.
- 使用Trinity汇编器组装读取,然后对NCBI NR数据库进行单基因策划.
- 使用BUSCO.评估组装完整性的评估.
主要成果:
- 从三个卵巢阶段产生了超过63.210万个干净的配对末端读数.
- 组装了108,974个转录和51,836个单基因,其中32.31%是策划的.
- 在高质量的转录组组合中实现了97.6%的完整性.
结论:
- 这项研究为台湾的感染IPV的M. rosenbergii提供了有价值的转录组存储库.
- 产生的数据将有助于对这种经济重要物种早期青春期和生长模式的遗传研究.
- 该资源支持改善M. rosenbergii水产养殖中抗病能力和繁殖策略的努力.
