从人口生物库数据中提取和校准变异性致病性证据
Vineel Bhat1, Tian Yu1, Lara Brown1
1Division of Genetics, Department of Medicine, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, Boston, MA.
人口队列数据可以识别遗传变异的致病性,帮助基因组医学. 这项研究发现了重新分类未知意义的罕见变异 (VUS) 的证据,可能揭示未知的疾病风险.
科学领域:
- 基因组医学是基因组医学.
- 人类遗传学 人类遗传学
- 人口健康 人口健康
背景情况:
- 基因组医学依赖于理解变异的表型影响,但对于单一的疾病基因,证据往往不完整.
- 评估遗传变异的临床意义,特别是未知意义的罕见变异 (VUS),是一个重大挑战.
研究的目的:
- 评估人口队列数据对评估遗传变异致病性的有用性.
- 在临床实践中建立一个使用基于人口的证据来支持变异解释的框架.
主要方法:
- 分析了41个基因中的疾病丰富的变异水平概率比率,在18种表型中使用英国生物银行数据 (469,803名参与者).
- 对美国医学遗传学和基因组学学院 (ACMG/AMP) 准则 (PS4标准) 的校准概率比证据的强度.
- 集成的计算,功能和人口数据来重新分类变体.
主要成果:
- 在11种表型的病原和良性变体之间发现了几率比率的显著差异.
- 基于人口的几率比率可以为变异性病原性提供"中度"到"非常强烈"的证据.
- 2.6%的参与者患有罕见的VUS,至少有"中度"的病原性证据.
- 在LDLR基因中,12.4%的罕见VUS符合可能致病性分类的标准.
结论:
- 人口队列数据为建立基因组医学所需的证据库提供了强大的资源.
- 这种方法可以系统地重新分类未知意义的变异,潜在地识别未被识别的风险中的个人.
- 这些发现表明,一种可扩展的方法可以改善遗传变体的解释和临床决策.
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