从鼻腔内膜液中提取DNA的优化,以使用第三代测序来评估鼻腔微生物组
Samuel T Montgomery1,2, Phoebe G Carr1, Jose A Caparrós-Martín1,3,4
1Wal-yan Respiratory Research Centre, The Kids Research Institute Australia, Nedlands, Western Australia, Australia.
概括
鼻腔内液 (NLF) 是用于评估鼻子微生物组的鼻子拭子的可行替代品. 优化的DNA提取方法对于准确分析这些低生物质样本至关重要.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 评估鼻子微生物组对于了解呼吸系统健康很重要.
- 鼻内膜液 (NLF) 的鼻吸取样本是最少的侵入性,但其用于微生物组分析的实用性尚不清楚.
- 空气道样本中的低生物质增加了对污染DNA的敏感性.
研究的目的:
- 评估使用NLF用于鼻腔微生物组分析的可行性.
- 为了比较低生物质呼吸道样本的DNA提取方法.
- 在微生物组研究中评估NLF作为鼻子拭子的替代品.
主要方法:
- 从成年志愿者那里收集了NLF和鼻子拭子.
- 通过使用模拟社区和NLF,比较了三个DNA提取套件 (基于列和两个基于降水).
- 利用短读和长读16S rRNA测序来评估微生物概况和提取偏差.
- 优化了NLF和拭子的DNA提取方法.
主要成果:
- 基于沉的DNA提取方法产生了足够的NLFDNA,与基于列的方法不同.
- 提取方法显著影响了微生物特征;机械溶解最小化了偏差.
- 长读测序表明NLF和鼻之间具有可比的微生物特征.
- 两种基于沉的提取方法被验证为全长的16S rRNA测序.
结论:
- NLF是用于鼻子微生物组评估的鼻子拭子的可行和潜在的合适替代品.
- 优化,公正的DNA提取对于准确的微生物群对低生物质呼吸道样本进行分析至关重要.
- 这项研究验证了用于鼻微生物组研究的NLF采样和特定提取技术.
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