构建一个非编码RNA介导的代谢调节网络,以探索番茄育种中的代谢变异
Penghui Liu1,2, Chao Wang1,2, Zhonghui Zhang1,2
1National Key Laboratory for Tropical Crop Breeding, School of Breeding and Multiplication (Sanya Institute of Breeding and Multiplication), Hainan University, Sanya, Hainan 572025, China.
这项研究确定了番茄中的非编码RNA (ncRNA) 和代谢物,揭示了调节网络. 它突出了miR172的位置.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 番茄 (Solanum lycopersicum) 是二次新陈代谢研究的典范,但ncRNA对代谢物调节的研究不足.
- 了解ncRNA的作用对于通过育种改善番茄作物质量和产量至关重要.
研究的目的:
- 在番茄子组中识别和描述微RNA (miRNA) 和长ncRNA (lncRNA).
- 调查ncRNAs和代谢物与番茄化的关联.
- 为番茄构建一个ncRNA介导的代谢调节网络.
主要方法:
- 在三个番茄子组中识别和表征miRNAs和lncRNAs.
- 番茄组织的代谢物分析,以量化黄素 (FLA) 和类固醇甘油 (SGA).
- 构建一个整合ncRNAs,信使RNAs (mRNAs) 和代谢物的监管网络.
主要成果:
- 鉴定了418个miRNA和2938个lncRNA;基因间的lncRNA是最丰富的.
- 确定了280种代谢物,其中SGA含量与养状态有关.
- 一个监管网络揭示了针对SLUGT71T212的miR172异型,影响FLA糖化和naringenin-O-glycoside的形成.
结论:
- 这项研究提供了西红ncRNA和代谢物的全面数据集.
- 构建的ncRNA介导的代谢调节网络提供了有关番茄育种期间代谢变异的见解.
- 模块miR172a-SlUGT71T212在黄酸盐的糖化中发挥了验证的作用.
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