CC180 类动力学并不能普遍解释 Streptococcus pneumoniae 血清型 3 疫苗后持久性:全球比较人口基因组学研究

科学领域:

• 基因组学和分子流行病学
• 疫苗可以预防的疾病
• 微生物进化 微生物进化

背景情况:

• 克隆复合体180 (CC180) 是3型肺炎链球菌 (Spn) 的占主导地位的克隆,导致全球疾病负担显著.
• 13性肺炎球菌合疫苗 (PCV13) 对3 Spn血清型的疗效有限,这表明疫苗可能存在逃生机制.
• 美国,英格兰和威尔士的先前观察表明PCV13可能有利于CC180的抗性菌株,而西班牙显示出不同的动态.

研究的目的:

• 在PCV13引入后调查葡萄牙3 Spn血清型的人口基因组学和分子流行病学.
• 为了测试PCV13驱动着有利于疫苗耐药CC180菌群的人口转移的假设.
• 为了比较葡萄牙3 Spn血清型菌株的基因组和流行病学特征与全球数据.

主要方法:

• 来自葡萄牙的501个血清型3 Spn菌株 (1999-2020) 的全基因组测序 (WGS).
• 遗传学分析,泛基因组分析和全基因组关联研究 (GWAS).
• 抗生素敏感性测试和比较基因组学,拥有超过2600个全球MLST180 WGS数据集.

主要成果:

• 与非侵入性肺炎和儿科患者相比,CC180 Clades I-VI显示与侵入性疾病和成人患者的相关性降低.
• 在PCV13后观察到3型血清型Spn菌群的显著转变,其中Clades I-VI占大多数菌株;Clade I在葡萄牙占主导地位 (54%).
• 葡萄牙和西班牙的Clade I菌株虽然在很大程度上对抗生素敏感,并携带了ΦOXC141传导体,但它们具有更大的泛基因组,与假设的蛋白质基因相关.

结论:

• 在PCV13后,CC180血清型3 Spn的Clade I在葡萄牙出现了占主导地位,尽管对抗生素敏感性和prophage携带.
• 在Clade I中的附加辅助基因组内容可能会赋予健身优势,可能会减轻与抗生素敏感性相关的成本.
• 克莱德I流行率和泛基因组异质性的区域差异表明,单独的克莱德动态并不能完全解释3型血清型疫苗逃逸.