在体内对Saccharomyces cerevisiae内部结构进行了全面的分析

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 遗传学 是一个遗传学.
• 生物化学 生化学

背景情况:

• 预信使RNA (预mRNA) 的二次结构被认为是调节RNA处理的,但体内可视化一直是具有挑战性的.
• 了解这些结构对于破译基因表达调节在转录后水平至关重要.

研究的目的:

• 描述Saccharomyces cerevisiae在整个转录组中的mRNA前结构.
• 研究这些结构在RNA处理和基因表达中的作用.

主要方法:

• 转录组范围的二甲基硫酸盐探测用于绘制前mRNA结构.
• 拼接抑制以丰富低丰度的前mRNA.
• 与植物遗传和突变数据进行交叉验证.
• 多维化学映射和结构组合预测.
• 开发和应用一个高通量功能测试 (VARS-seq).

主要成果:

• 在大多数测量过的内子 (78个中79个) 中确定了二次结构.
• 发现了"拉链茎"",下游茎"和新型长茎的广泛形成,区分了前mRNA和拼接mRNA.
• 证明了内部结构可以在体外独立形成.
• 结构组合预测表明,在Saccharomyces属中保留了结构.
• VARS-seq识别了影响保留的内子水平的结构元素,甚至远离拼接地点.

结论:

• 预mRNA的内部结构很普遍,并且可以独立于结合伙伴形成.
• 这些结构在调节RNA处理,包括内质保留方面发挥着重要作用.
• 这些发现引入了研究前mRNA折叠及其对基因表达的影响的新范式和模型系统.