一种精简的qPCR方法用于表征Enterococcus spp. 环境地表水样本中的水平

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 分子生物学分子生物学
• 评估水质水质的评估.

背景情况:

• 针对Enterococcus spp. 的传统培养方法. 在休水域检测需要超过18个小时才能得到结果.
• 定量聚合酶连锁反应 (qPCR) 提供了当天的结果,但现有的协议可以得到改进.
• 在qPCR技术的进步提供了一个机会,以更新当前的肠球菌检测方法.

研究的目的:

• 引入精简的Enterococcus qPCR协议,简化计算并减少测试时间.
• 为了提高准确性和安全性,将采用经过认证的控制材料和非活化全细胞DNA标准 (WCDS).
• 根据现有方法验证新协议,并评估水样矩阵干扰的替代控制方法.

主要方法:

• 对一个新的简化Enterococcus qPCR协议与2015年EPA协议的比较,使用60个海洋,河口和淡水样本.
• 调查采样处理控制基线测量的替代来源.
• 评估一个非活化的E. faecalis全细胞DNA标准 (WCDS) 的性能,同质性和稳定性.

主要成果:

• 协议之间强烈的相关性 (R2 = 0.980) 和100%的协议在放大和控制测试中一致.
• 72.7%的样本显示了简化协议的减少误差,贝叶斯分析证实了这一点.
• 与可行的对照组相比,非激活的WCDS在统计学上表现出相当的性能,可重复性和稳定性.

结论:

• 精简的Enterococcus qPCR协议比现有方法更快,更容易,更安全,更可复制.
• 替代控制源有效地调整了水样矩阵干扰,而不会影响结果.
• 不活化的E. faecalis全细胞DNA标准 (WCDS) 是用于Enterococcus qPCR测试的可靠和稳定的对照材料.