通过牛津纳米孔测序对人类乳头瘤病毒基因型的验证,用于甲素固定,氨酸嵌入的组织和thinprep门和妇科样本
Carolina Hernandez1, Luz Helena Patiño2, Milena Camargo3
1Molecular Microbiology Laboratory, Department of Pathology, Molecular and Cell-Based Medicine, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, New York.
The Journal of molecular diagnostics : JMD
|June 7, 2025
概括
牛津纳米孔技术 (ONT) 测序准确检测和基因型人类乳头瘤病毒 (HPV) 在各种样本,包括FFPE组织. 这种快速,具有成本效益的方法可以提高对各种癌症的HPV检测.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 人类乳头瘤病毒 (HPV) 是导致宫癌,门癌和头癌的重要原因.
- 目前的HPV基因定型方法的范围有限,特别是对于非妇科样本和固定在甲,嵌入式 (FFPE) 组织.
- 不断发展的HPV流行病学需要先进的基因定型技术,用于各种临床应用.
研究的目的:
- 为了验证基于安普利康的牛津纳米孔技术 (ONT) 测序用于人类乳头瘤病毒 (HPV) 检测和基因定型.
- 在各种样本类型中评估ONT测序的性能,包括FFPE头部和部,以及门和妇科细胞学样本.
- 建立ONT测序作为HPV综合性基因定型的可靠方法.
主要方法:
- 使用牛津纳米孔技术 (ONT) 验证基于片的测序.
- 在181个不同的样本上进行测试:FFPE头部和部,ThinPrep从门和妇科组织的液体基细胞学.
- 与桑格测序作为基因型准确性的参考标准进行比较.
主要成果:
- 在ONT测序中,HPV16和HPV18的检测极限为1副本/μL.
- 在所有测试样本类型中,HPV检测完全一致 (κ = 1.0).
- 基因型鉴定准确度超过95%,ONT识别了桑格测序遗漏的额外基因型.
- 在内部和间隔分析中证明了高可重现性.
结论:
- ONT测序是一种经过验证,准确和可重复的方法,用于在包括FFPE组织在内的多种样本类型中的HPV基因定型.
- 这种技术为全面的HPV检测提供了快速,经济有效的解决方案,解决了当前平台的局限性.
- 这项研究代表了FFPE头部和部样本中HPV基因定型的ONT测序的首次验证,扩大了其临床实用性.
