FUNIN - 一种真菌甘氨酸化酶32酶数据库,用于开发优化的胰岛素酶
Lucas Sousa Palmeira1, Gabriel Quintanilha-Peixoto2, Andréa Miura da Costa3
1Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil; Laboratório de Bioinformática e Química Computacional, Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia, Jequié, Brazil.
International journal of biological macromolecules
|June 8, 2025
概括
一个新的数据库,FUNIN,列出了用于胰岛素水解的真菌甘酸酶32 (GH32) 家族酶. 这个资源支持优化酶,从植物如Agave生产生物乙醇.
科学领域:
- 生物技术和生物化学
- 酶学 是一种酶学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 通过真菌甘氨酸酸酶家族32 (GH32) 酶的胰岛素水解对于生物乙醇生产至关重要.
- 对真菌GH32酶缺乏集中资源,阻碍了研究和开发.
研究的目的:
- 开发FUNIN,这是一个关于参与胰岛素水解的真菌GH32酶的综合数据库.
- 为了促进对这些酶的分析和数据的检索,用于生物乙醇应用.
主要方法:
- FUNIN是作为一个基于云的非关系数据库,使用MongoDB在AWS上.
- 一个自动化的ELT管道整合了UniProt和InterPro的数据,使用CLEAN和ProtParam等工具.
- 酶序列,分类学,物理化学性质和保存域 (PF00251-PF08244) 被编目.
主要成果:
- 该数据库目前包含3420种真菌GH32酶,主要来自阿斯科米科塔 (91.2%),有相当多的来自Fusarium,Aspergillus和Penicillium.
- 主要的酶类型是外蛋白酶 (43.9%),内蛋白酶 (33.4%) 和逆酶 (21.6%).
- 分析显示了保护域,酸性pI值,中度的疏水性,以及外氨酸酶中的结构保护.
结论:
- FUNIN为菌GH32酶提供了一种有价值的,公开可访问的资源,该酶与胰岛素水解有关.
- 该数据库支持从Agave和类似原料中增强生物乙醇生产的酶尾酒的发现和设计.
- 自动月度更新确保数据库保持最新的最新数据.
