基于基因组学和转录组学数据,确定影响猪滴水损失的新候选基因
Jianghui Yu1, Wei Tao1, Xinjie Ai1
1Key Laboratory of Pig Genetic Resources Evaluation and Utilization (Nanjing), Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Institute of Swine Science, College of Animal Science and Technology, Nanjing Agricultural University, Nanjing, China.
Journal of animal science
|June 9, 2025
概括
研究人员使用全基因组关联研究和RNA测序在中国苏猪中发现了与滴滴损失 (DL) 相关的新基因. 这些发现可以帮助通过遗传选择改善猪肉质量.
科学领域:
- 动物遗传学动物遗传学
- 分子生物学分子生物学
- 肉类科学 肉科学
背景情况:
- 滴失 (DL) 是猪肉肌肉质量的关键指标.
- 识别影响DL的遗传因素对于旨在提高肉质的育种计划至关重要.
研究的目的:
- 为了确定中国苏猪的定量特征位点 (QTL) 和与滴滴损失 (DL) 相关的候选基因.
- 通过综合的基因组和转录组分析,确定影响DL的新型基因.
主要方法:
- 使用Neogen GGP Porcine 80K SNP阵列对中国的Suhuai猪进行基因定型.
- 将SNP数据归算为全基因组序列 (iWGS),然后进行全基因组关联研究 (GWAS).
- RNA测序 (RNA-seq) 和定量特征转录组 (QTT) 分析以确定与DL相关的差异表达基因 (DEG).
主要成果:
- 在SSC4,SSC13和SSC14上检测到与DL相关的显著SNP,确定了3个新的QTL区域.
- 通过GWAS确定了37个候选基因,包括AACS,CRB4和OXSM.
- 整合了GWAS,RNA-seq和QTT分析,确定了9个新的DL候选基因,如GALNT15,TBC1D1和PPARGC1A.
结论:
- 新发现的QTL区域和候选基因为了解猪DL的遗传结构提供了基础.
- 已识别的基因 (例如,GALNT15,TBC1D1,PPARGC1A) 是标记器辅助或基因组选择的潜在目标,以提高猪肉质量.
- 这项研究为提高猪养殖计划中的肉质特征奠定了基础.
