一个化学信息学工作流程,用于从生物固体中化学暴露的高通量建模

科学领域:

• 环境化学环境化学
• 计算毒理学计算毒理学
• 风险评估 风险评估 风险评估

背景情况:

• 美国环境保护局的生物固体选工具需要广泛的化学特异性数据来准确地建模暴露.
• 为此工具手动编制数据是耗时的,阻碍了对生物固体的高效风险评估.

研究的目的:

• 开发一个自动化的R工作流程,以简化生物固体选工具的数据采集.
• 为了利用美国环保署的CompTox化学品仪表板来有效地检索化学数据.

主要方法:

• 创建了一个R工作流来自动查询CompTox化学品仪表板的必要物理化学性质.
• 工作流程准备和格式化数据,直接输入到生物固体选工具.
• 为了透明度和可重复性,工作流在GitHub上公开提供.

主要成果:

• 自动化工作流 (autoBST) 从几天到几分钟大大减少了收集数据以选数百种化学品所需的时间.
• 该工作流成功地将CompTox化学品仪表板中的数据集成到生物固体选工具中.
• 自动BST提供了一种透明和可重复的数据检索方法.

结论:

• 通过自动化工作流程利用CompTox化学品仪表板来提高生物固体选工具的效率.
• 这种方法使生物固体中的化学物质在人类健康和生态风险评估方面能够更快,更可辩护地确定优先级.
• 自动BST工作流例证了EPA化学数据资源在环境风险管理中的实际应用.