测序艾滋病毒诊断样本以检测遗传群并评估序列覆盖差距
Cara J Broshkevitch1, Shuntai Zhou2, Annalea Greifinger3
1Department of Epidemiology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina, USA.
Open forum infectious diseases
|June 10, 2025
概括
将艾滋病毒测试序列纳入分子分析中显著增加了检测活跃艾滋病毒的速度. 这种方法有助于识别在常规护理数据中没有充分代表的个体,改善公共卫生监测.
科学领域:
- 流行病学 流行病学
- 公共卫生监督 公共卫生监督
- 分子流行病学分子流行病学
背景情况:
- 目前在美国的HIV分子集群检测依赖于常规护理序列.
- 这种方法忽略了与护理无关或未收集/未报告序列的个体.
研究的目的:
- 评估将艾滋病毒测试序列纳入分子分析中的影响.
- 通过艾滋病毒检测序列来填补数据缺口,并描述所涉及的个体.
主要方法:
- 从北卡罗来纳州 (2018-2021) 的新诊断的个人收集了艾滋病毒测试序列.
- 将这些序列集成到全州的分子分析中,以检测活跃的 (≥5个新诊断的成员).
- 在具有和没有常规护理序列的个体之间比较数据差距和参与者特征.
主要成果:
- 分析了847个HIV测试序列,其中三分之一缺乏常规护理序列.
- 结合HIV测试序列导致确定了13个额外的活跃集群 (33%的增加) 和40个更大的集群.
- 大多数具有测试序列但没有护理序列的个体有其他护理指标,表明收集不足/报告不足,而22%的人没有护理证据.
结论:
- 增强的序列覆盖改善了艾滋病毒集群检测.
- 增加例行护理序列收集和报告可以解决一些数据缺口.
- 测序残留的艾滋病毒检测样本对于包括与护理无关的个人至关重要.


