一个并行分布的显微镜和软件系统,用于可扩展的高通量多光谱3D成像

科学领域:

• 生物光子学 生物光子学
• 显微镜的使用方法
• 图像处理 图像处理

背景情况:

• 高通量光学显微镜使得在衍射有限的分辨率下能够对整个生物体进行成像.
• 目前的系统面临着分辨率,成像深度,光谱能力和数据吞吐量之间的权衡.
• 光学设计和数据流处理的局限性阻碍了最佳性能.

研究的目的:

• 开发一种超越当前高通量,高分辨率成像局限性的显微镜系统.
• 为了实现同时实现高速,高分辨率和多色成像能力.
• 为处理大规模成像数据流创建一个强大的框架.

主要方法:

• 开发一个平行线扫描共聚焦显微镜 (plSCM).
• 一个可扩展的网络分布式图像采集/处理框架 (SNDiF) 的工程.
• 将plSCM与SNDiF集成,用于连续捕获,实时处理和集群存储.

主要成果:

• plSCM 实现了 1.1 Gigavoxels/秒的成像速度.
• 实现了大约180 x 220 x 650nm的光学分辨率.
• 2毫米的成像深度与3个同时的光谱通道.
• SNDiF处理的数据集大小比特字节,可以连续运行数天.

结论:

• 结合的plSCM和SNDiF系统为大规模,高通量,高分辨率的多色成像提供了通用的解决方案.
• 这项技术可以延长数天的运行时间,促进全面的生物研究.
• 显微镜和数据处理方面的进步为全生物成像领域的新发现铺平了道路.