一个实施的现实世界数据管道,用于精确瘤学电子健康记录的标准化

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 生物医学信息学 生物医学信息学
• 数据科学数据科学数据科学

背景情况:

• 精确瘤学依赖于来自电子健康记录 (EHR) 的准确的真实世界数据 (RWD).
• 标准化和提取这些数据对于临床研究和患者护理至关重要.
• 现有的电子健康记录数据提取方法可能耗时且容易出现错误.

研究的目的:

• 开发和评估一个基础设施和工具集,用于从EHR中自动提取RWD.
• 使用精密瘤核心数据模型 (Precision-DM) 标准化提取的数据.
• 评估工具集在检索精密瘤学的关键变量时的准确性.

主要方法:

• 开发了数据挖掘和自然语言处理脚本,用于自动检索数据.
• 使用了一个符合精密瘤核心数据模型 (Precision-DM) 的基础设施.
• 在106例肺癌和45例肉瘤患者病例的参考数据集上评估了工具集.

主要成果:

• 成功检索了大多数描述性的EHR字段,准确度很高.
• 在提取诊断日期和治疗开始日期方面取得了中等准确性 (50% - 86%).
• 证明了使用精密DM用于数据标准化的可行性.

结论:

• 开发的基础设施和工具集对精密瘤学中RWD提取有希望.
• 需要进一步增强工具集,以提高关键日期变量的准确性.
• 基于精密DM的标准化方法可以成为多机构数据共享努力的基础.