在人类蛋白质组项目目标清单上对PE5条目的评估
Clarissa Zheng1, Marie Andken1, Jonathan M Mudge2
1Institute for Systems Biology, Seattle, Washington 98109, United States.
Journal of proteome research
|June 12, 2025
概括
人类蛋白质组项目 (HPP) 审查了76个存在不确定的人类蛋白质条目 (PE5). 17个有蛋白质翻译的证据,15个显示转录,41个仍未得到证实,影响HPP目标列表.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 人类蛋白质组组织 (HUPO) 人类蛋白质组项目 (HPP) 旨在识别人类基因组中的蛋白质编码基因.
- 76个人类蛋白质条目中的一个子集目前在UniProtKB中以PE5进行注释,表明策展人对其存在的怀疑.
- 这些PE5条目在HPP目标清单中被列入的状态尚不确定.
研究的目的:
- 为了评估76个具有PE5注释的人类蛋白质条目存在的情况.
- 根据现有证据,确定这些条目是否需要在UniProtKB中升级到PE1-4状态.
- 为了澄清这些条目在HUPO-HPP目标清单中的包括.
主要方法:
- 来自科学文献的证据的系统审查.
- 来自参考蛋白质和基因组数据库的数据分析.
- 跨物种的比较基因组对齐,以评估进化保护.
主要成果:
- 十七 (17) 条条目显示了可信的蛋白质翻译证据,应该升级为PE1.
- 十五 (15) 条条目缺乏翻译证据,但具有转录证据,表明潜在的蛋白质生产.
- 四十一个 (41) 条目没有显示翻译或转录证据,其蛋白质编码状态仍然不确定.
- 三 (3) 项被确认为PE5并且应从HPP目标清单中排除.
结论:
- 很大一部分PE5注释的人类蛋白质条目拥有支持其存在的证据.
- 重新评估澄清了这些蛋白质的状态,影响了人类蛋白质组数据集的完整性.
- 对于缺乏最终翻译或转录证据的条目,需要做出政策决定.
