在英格兰对坎皮洛巴克特物种进行了加强的实验室监测研究

科学领域:

• 微生物学和流行病学
• 食品传播病原体监测监测

背景情况:

• 坎比洛细菌病是导致胃肠炎的全球主要原因之一.
• 坎皮洛巴克特物种是英格兰常见的动物性传染病原体.
• 目前的监测由于低菌株类型化率 (<2.0%),导致分子流行病学洞察力有限.

研究的目的:

• 评估高通量全基因组测序 (WGS) 的可行性,用于Campylobacter分析.
• 实施加强实验室监测坎皮洛巴克特菌spp. 在三个月的时间里.
• 为改进国家Campylobacter监测策略提供建议.

主要方法:

• 在英格兰进行了为期3个月的实验室增强监测期 (2021年6月至8月).
• 鼓励诊断实验室参考Campylobacter spp. 的情况. 对于WGS的隔离物.
• 通过WGS进行微生物学和流行病学分析,对6,000多个分离物进行了鉴定.

主要成果:

• 87.5%的分离物被确定为Campylobacter jejuni和8.1%的分离物被确定为Campylobacter coli.
• 最常见的是ST-21克隆复合体,特别是ST6175,预计96.8%具有抗微生物耐药性决定因素 (西普洛克萨,四环素).
• WGS确定了基因相关的和零星分离物,其中23.8%的可类型分离物在主要中,28.4%-39.5%出现零星.

结论:

• 全基因组测序 (WGS) 能够近乎实时识别Campylobacter集群,并推断出抗菌素耐药性.
• 该研究表明,WGS可用于加强监控.
• 为了最大限度地发挥WGS的潜力,需要增加代表性隔离转诊和并行流行病学数据收集.