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Updated: Jun 16, 2025
08:16
Comparative Lesions Analysis Through a Targeted Sequencing Approach
Published on: November 5, 2019
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对CLN2 (TPP1) 突变检测进行基准纳米孔测序:整合快速基因组学和正对角验证,用于精确诊断
Betül Teker1, Gökce Akan2, Hasan Hüseyin Kazan3
1Institute of Health Sciences, Istanbul University, 34452 Fatih, Türkiye.
International journal of molecular sciences
|June 13, 2025
概括
牛津纳米孔测序准确地检测到CLN2疾病患者的TPP1基因突变. 这种方法与酶分析相结合,可以提高诊断精度,以便及时治疗这种罕见的神经退行性疾病.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 在
- 生物化学 生物化学
- 罕见疾病 罕见疾病
背景情况:
- CLN2疾病是一种罕见的溶酶体储存障碍,源于TPP1/CLN2基因突变,导致神经元状脂症.
- 由于这些突变,三基酶1 (TPP1) 活性受损会导致渐进的神经退行.
- 早期诊断和酶替代疗法对于控制CLN2疾病进展至关重要.
研究的目的:
- 评估牛津纳米孔长读测序 (ONT-LRS) 用于检测土耳其CLN2患者的TPP1基因突变.
- 评估ONT-LRS与桑格测序和TPP1酶活性试验的一致性.
- 扩大对土耳其CLN2队列中TPP1突变谱的理解.
主要方法:
- 针对性测序的整个TPP1基因 (6846 bp) 使用牛津纳米孔小离子平台与定制的原始板.
- 通过桑格测序验证检测到的变异.
- 基因发现与白细胞和干血斑点中测量的TPP1酶活性的相关性.
主要成果:
- 确定了四种致病性/可能致病性TPP1变异 (c.622C>T,c.857A>G,c.1204G>T,c.225A>G) 和14种良性变异.
- 新发现包括c.857A>G和复合异构的c.225A>G/c.622C>T变体的同质合体状态.
- 在所有受影响个体中观察到显著降低TPP1酶活性 (p < 0.0001).
结论:
- ONT-LRS为高分辨率的TPP1基因分析提供了强大且具有成本效益的方法.
- 整合分子和生化数据可以提高CLN2疾病的诊断准确度.
- 这种方法支持及时干预,特别是在血缘关系和诊断资源有限的地区.
