水元基因组反映了整个模型农业池的物理化学水质

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 转基因组学是指转基因组学.
• 评估水质水质的评估.

背景情况:

• 农业池对于灌至关重要,但可以容纳病原体和抗菌素耐药性 (AMR) 基因.
• 为了有效地监测食品安全的水质,需要了解抽样因素如何影响风险评估.
• 环境共变量作为微生物水质指标的潜力仍未得到充分探索.

研究的目的:

• 为了研究农业池元基因组如何随着物理化学水质的时空变化而变化.
• 探索水深,日间时间和微生物社区组成和功能之间的关系.
• 评估元基因组监测在通过水质监测支持食品安全方面的潜力.

主要方法:

• 在一天中,在不同深度 (0-2m) 和时间收集的水和沉积物样本的Shotgun metagenomic测序.
• 列出关键的水质参数,包括温度,营养度,度,pH值和可培养的大肠杆菌.
• * De novo * 测序阅读组装以识别独特的微生物菌株和相关的遗传元素.

主要成果:

• 在池表面的群体 (富含蓝色细菌,光合作用相关的基因) 和更深的水/沉积物群体 (富含蛋白质细菌,活性细菌,呼吸相关的基因) 之间观察到不同的元基因组概况.
• 水质参数如叶绿素,溶解有机物,氨和大肠杆菌度与元基因组多样性相关,但与AMR基因无关.
• 通过*de novo*组装识别了编码AMR,毒性或应激反应基因的22种独特的微生物菌株,将功能潜力与特定的种群联系起来.

结论:

• 农业池水元基因组表现出显著的空间 (表面与深度) 和时间变化.
• 甲基因组分析为微生物社区结构和与水质相关的功能提供了有价值的见解.
• 超基因组监测有望加强水质监测和支持食品安全倡议.