在葡萄藤中发现的一种新的cheravirus的识别和完整基因组序列
Xudong Fan1, Yuxin Hao1, Fang Ren1
1National Center for Eliminating Viruses from Deciduous Fruit Tree, Research Institute of Pomology, Chinese Academy of Agriculture Sciences, Xingcheng, 125100, Liaoning, China.
一种新型的黑拉病毒,暂时命名为葡萄藤黑拉病毒 (GCheV),在中国的病变葡萄藤中被发现. 这一发现标志着葡萄树中首次报告cheravirus的发现,扩大了我们对葡萄树病毒性疾病的理解.
科学领域:
- 植物病毒学 植物病毒学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 葡萄藤 (Vitis vinifera) 容易受到许多病毒性疾病的影响,影响产量和质量.
- 高通量测序 (HTS) 已经彻底改变了植物中的病原体发现.
- 切拉病毒是一种具有有限已知的宿主和地理分布的病毒属.
研究的目的:
- 在来自中国宁夏的症状葡萄树样本中识别新型病毒.
- 描述葡萄树中新发现的黑拉病毒的基因组和家族遗传关系.
- 为提供感染葡萄藤的切拉病毒的第一份报告.
主要方法:
- 高通量测序 (HTS) 用于初始病毒发现.
- 逆转录-聚合酶连锁反应 (RT-PCR) 用于病毒确认.
- 桑格测序和cDNA末端的快速放大 (RACE) 用于完整的基因组确定.
- 基于保存的蛋白质区域的遗传学分析.
主要成果:
- 一种假定的新型黑拉病毒,葡萄藤黑拉病毒 (GCheV) 在症状葡萄藤中被发现.
- GCheV的完整基因组由两个RNA段 (7,395和3,645个核酸) 组成.
- 遗传学分析将GCheV置于Cheravirus属内,与Corymbium villosum cheravirus (CvCV) 密切相关.
结论:
- GCheV代表了切拉病毒属的新成员,感染了葡萄树.
- 这一发现扩大了已知的宿主范围和cheravirus的地理分布.
- 这一发现凸显了HTS在识别新型植物病毒方面的重要性.
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