基于DNA条形码的多重复合免疫光成像分析FFPE样本从基因重编程的小鼠黑色素瘤
Sachin S Surwase1, Xin Ming M Zhou2, Kathryn M Luly1
1Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins University; Translational Tissue Engineering Center, Johns Hopkins University; Johns Hopkins Translational ImmunoEngineering Center, Johns Hopkins University.
Journal of visualized experiments : JoVE
|June 23, 2025
概括
这项研究引入了一种新的DNA条形编码方法,用于在甲固定嵌 (FFPE) 组织中的空间蛋白质组学. 该协议允许开发抗体面板,用于分析FFPE样本中的瘤微环境.
科学领域:
- 生物技术是生物技术.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分子成像学分子成像学
背景情况:
- 嵌入式甲固化 (FFPE) 样本为组织分析提供了优势,但缺乏用于多重成像的验证抗体面板.
- 空间蛋白质组学需要强大的抗体面板来准确可视化组织微环境.
研究的目的:
- 提出一项用于开发和验证FFPE组织多重成像抗体面板的协议.
- 为了分析小鼠黑色素瘤模型瘤微环境的空间蛋白质组学.
- 为FFPE组织蛋白质组学建立一个开源的图像分析管道.
主要方法:
- 开发一种基于DNA条形码的多重成像技术,使用Co-Detection-by-indEXing.
- 该技术应用于纳米粒子处理的小鼠黑色素瘤模型中的FFPE组织.
- 利用开源计算工具进行图像分析,细胞细分和空间指标量化.
主要成果:
- 成功可视化和空间蛋白质组学分析FFPE小鼠黑色素瘤组织.
- 用于细胞表型和空间量化图像分析管道的演示.
- 在FFPE样本中建立抗体面板开发的协议.
结论:
- 提出的协议促进了FFPE组织的空间蛋白质组学分析,克服了现有方法的局限性.
- 这种方法使我们能够对瘤微环境重编程和空间生物学有新的见解.
- 开发的工具支持用于各种FFPE研究应用的抗体面板的设计.
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