在使用全基因组测序的垂直集成猪生产系统中探索大肠杆菌的流行病学和遗传复杂性

科学领域:

• 兽医微生物学 兽医微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性

背景情况:

• 大肠杆菌是猪肠道疾病的重要原因之一.
• 了解其遗传多样性和耐药性模式对于动物健康和公共安全至关重要.

研究的目的:

• 评估来自西班牙腹猪的大肠杆菌的遗传多样性,毒性因素和抗菌耐药性基因.
• 研究遗传特征,抗菌素耐药性和农场起源之间的关系.

主要方法:

• 从腹猪 (2018-2022) 中收集和分析了350个临床大肠杆菌分离物.
• 在206个分离物的子集上进行了抗微生物敏感性测试 (MIC) 和全基因组测序 (WGS).
• 使用in silico方法进行血型定型,多位置序列类型和族群分类.

主要成果:

• 鉴定出具有优势血清型和序列类型 (ST) 的高遗传多样性.
• 发现对四环素,氨基甘油酸,类,三甲和硫胺的耐药性高 (> 50%);对素和胆素的耐药性低 (< 25%).
• 尽管有整体遗传多样性,但在批次内观察到克隆性持久性,遗传特征和农场起源之间没有明确的关联.

结论:

• 与猪相关的ST131似乎对人类感染的影响很小.
• 生产系统中的基因组多样性很高,但特定的克隆可以持续存在,这表明在批量内传播.
• 基因组监测对于有效监测猪大肠杆菌的抗菌素耐药性至关重要.