在气相离子复合体中,酸与寡核酸的酸-伊胺介质交叉链接
Jiahao Wan1, Mikuláš Vlk2,3, Chenyang Wei1
1Department of Chemistry, University of Washington, Bagley Hall, Box 351700, Seattle, Washington 98195-1700, United States.
这项研究表明,UV光解离 (UVPD) 交叉链接的DNA核酸使用diaryltetrazole标签. 富含关氨酸的序列显示出高的交叉链接效率,揭示出一种新的反应机制.
科学领域:
- 质谱测量质量谱测量
- 化学生物学 化学生物学
- 计算化学的计算化学
背景情况:
- 氧核酸分析通常需要研究其结构和相互作用的方法.
- 光解离技术为研究气相离子复合体提供了途径.
- 可以使用二甲基四醇标签来诱导交叉连接反应.
研究的目的:
- 为了研究二核酸和三核酸的气相离子复合物的UV光解离 (UVPD) 诱导的交联与二甲基四醇标记的.
- 为了确定不同DNA核基的交联效率.
- 阐明UVPD交联过程中所涉及的反应机制和结合能.
主要方法:
- 气相离子复合体的形成在寡核酸和一个diaryltetrazole标记的之间.
- 在213nm处进行紫外线光解离 (UVPD),以诱导交叉链接.
- 碰撞诱导解离 (CID-MS3) 用于分析交叉连接的中间体.
- 波恩-奥本海默分子动力学和密度函数理论 (DFT) 结合能量的计算.
主要成果:
- UVPD诱导了二核酸复合体的共价交联,不同序列的产量不同 (dGG: 40%,dCC: 15%,dAA: 5%,dTT: <1%).
- 对中间体的CID-MS3分析显示,交叉链接收益率显著更高 (dGG: 94%,dCC: 75%,dAA: 71%,dTT: 8%).
- 三核酸复合体几乎表现出定量交叉链接,偏好瓜.
- DFT计算显示dAA,dCC和dCAG复合体的结合能在195-221kJmol-1范围内,dGG和dTT的结合能较弱.
结论:
- 用二甲基四醇标记的的UVPD提供了一种有效的交叉链接气相寡核酸复合物的方法.
- 交叉链接效率依赖于序列,在三核酸中强烈偏爱瓜.
- 提出了一种新型的反应机制,涉及酸胺中间体和关氨酸碳酸氧攻击,并得到了计算分析的支持.
更多相关视频
09:04Sequence-specific and Selective Recognition of Double-stranded RNAs over Single-stranded RNAs by Chemically Modified Peptide Nucleic Acids
Published on: September 21, 2017
08:14Analysis of the Solvent Accessibility of Cysteine Residues on Maize rayado fino virus Virus-like Particles Produced in Nicotiana benthamiana Plants and Cross-linking of Peptides to VLPs
Published on: February 14, 2013
相关概念视频
Aldehydes and Ketones with Amines: Imine Formation Mechanism
Imines are formed under mildly acidic conditions. A pH of 4.5 is ideal for the reaction.
If the pH is low or the solution is too acidic, the reaction slows down in the...
Aldehydes and Ketones with Amines: Imine and Enamine Formation Overview
Preparation of Nitriles
Peptide Bonds
2° Amines to N-Nitrosamines: Reaction with NaNO2
Chemical Ionization (CI) Mass Spectrometry
