针对SARS-CoV-2和Omicron变种的aptamer开发,使用尖端蛋白受体结合域作为潜在的诊断工具和治疗剂
Prasanna V Shekar1, Anuj Kumar2,3, Nirmitee Mulgaonkar4
1Department of Plant and Environmental Sciences, Clemson University Pee Dee Research and Education Center, Florence, SC 29506, USA.
Biomolecules
|June 26, 2025
概括
研究人员开发了一种新的工作流程,以找到与SARS-CoV-2尖端蛋白结合的aptamer. 这种方法确定了一种有前途的aptamer,用于潜在的病毒检测或治疗.
科学领域:
- 生物技术是生物技术.
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 对SARS-CoV-2的负担得起和可访问的检测和治疗方法仍然是必要的.
- 由于其特定的结合能力,aptamers提供了一个潜在的解决方案.
研究的目的:
- 建立一种工作流程,用于识别与SARS-CoV-2尖端蛋白结合的aptamer,特别是其受体结合域 (RBD).
- 开发适用于各种SARS-CoV-2变异的aptamers,用于潜在的诊断或治疗用途.
主要方法:
- 在 silico 工作流涉及基因组分裂,2D/3D 结构预测和 RNA 序列的分子对接到 SARS-CoV-2 RBD.
- 根据结合亲和力和分子动力学模拟对野生类型和Omicron BA.1 RBD进行候选aptamer的选择.
- 验证对多个SARS-CoV-2变体 (BA.2,XBB.1.5,EG.5) 的阿巴胺结合亲和力和稳定性,并使用生物层干涉测量进行实验验证.
主要成果:
- 通过in silico分析,六种RNA寡合体被确定为最佳候选者.
- 三种体体表现出预测的强大的结合亲和力和稳定性,对抗多个SARS-CoV-2变体.
- 一个aptamer被验证为尖端蛋白RBD的亚微分子亲和力.
结论:
- 成功建立了一种针对病毒标的新型工作流程,包括SARS-CoV-2尖端蛋白变体.
- 鉴定出了一种单一的高亲和度阿普坦,表明它有可能发展成为SARS-CoV-2的诊断工具或治疗剂.
