马拉维多种病原体废水监测:基于培养,RT-PCR和长期读取的元基因组学方法的评估,有多个正在进行的疫情
Rochelle H Holm1, Petros Chigwechokha2, William D Strike3
1Center for Healthy Air Water and Soil, Christina Lee Brown Envirome Institute, School of Medicine, University of Louisville, 302 E. Muhammad Ali Blvd., Louisville, KY 40202, United States.
The Science of the total environment
|June 26, 2025
概括
马拉维的废水和环境监测 (WES) 在培养,PCR和基因组学方法中发现了病原体检测的显著差异. 需要进行进一步的研究,以改善WES测试在低资源环境中的可移植性.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 传染病监测 传染病监测 传染病监测 传染病监测
- 公共卫生诊断 公共卫生诊断
背景情况:
- 低收入和中等收入国家的诊断基础设施有限,这阻碍了对人类和动物疾病的测试.
- 废水和环境监测 (WES) 为资源有限的地区的病原体检测提供了潜在的解决方案.
研究的目的:
- 评估基于培养,PCR和基因组学方法在WES样本中检测多种病原体的现实性能.
- 在低资源环境中,通过不同的方法识别病原体检测中的差异.
主要方法:
- 在马拉维的20个废水样本中,使用培养,单复合RT-PCR和牛津纳米孔技术 (MinION) 基因组学,准了8种流行病原体.
- 评估方法是为了检测流感A和B病毒,麻疹病毒,呼吸道同胞病毒,沙门氏菌,SARS-CoV-2,Vibrio cholerae和黄热病病毒的能力.
主要成果:
- 在这三种方法中检测出Vibrio cholerae和Salmonella Typhi存在差异.
- 基因组学在8/12个样本中检测到V.cholerae,而培养在3/20和PCR在1-3/20个样本中检测到它.
- 沙门氏菌Typhi经常通过PCR (10/20) 检测到,但不是通过基因组学.
结论:
- 多种病原体WES检测率存在显著差异,取决于所采用的方法.
- WES技术的可移植性和局限性需要进一步研究,以便在当地低资源实验室有效使用.
- 这项研究为加强WES战略在面临传染病爆发的地区提供了有价值的见解.
