解决新生儿重症监护室爆发的甲素耐药黄金葡萄球菌到单核酸变体水平使用牛津纳米孔简单读数和 HERRO 错误校正 HERRO 错误校正
M Bloomfield1, S Bakker2, M Burton3
1Awanui Labs Wellington, Department of Microbiology and Molecular Pathology, Wellington Regional Hospital, Riddiford Street, Wellington, New Zealand; Te Whatu Ora/Health New Zealand, Infection Prevention and Control, Wellington Regional Hospital, Wellington, New Zealand.
The Journal of hospital infection
|June 26, 2025
概括
Haplotype-aware ERRor cCorrection (HERRO) 显著提高了牛津纳米孔技术 (ONT) 测序准确度,用于对甲素耐药黄金葡萄球菌 (MRSA) 爆发的分析,匹配了用于高分辨率基因组监测的Illumina测序结果.
科学领域:
- 基因组监测是指基因组的监测.
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 与医疗保健相关的感染是一个重大挑战.
- 使用牛津纳米孔技术 (ONT) 的基因组监测可以快速检测疫情.
- 与Illumina测序相比,ONT的较低读取精度限制了单核酸变异 (SNV) 分析.
研究的目的:
- 为了评估 Haplotype-aware ERRor cOrrection (HERRO) 以提高 ONT 数据的分辨率.
- 为了能够高分辨率的基因组比较耐美西林的金黄色葡萄球菌 (MRSA) 疫情孤立.
- 用 HERRO 来评估 ONT 测序,作为医院疫情分析的独立平台.
主要方法:
- 使用ONT对医疗保健相关生物体的未来基因组监测.
- HERRO的应用用于ONT的错误校正,简单的读取来自MRSA分离物的错误.
- 对基因组组件和族系的比较分析与HERRO ONT前的数据和Illumina测序数据.
主要成果:
- 在MRSA分离物中,HERO校正大大降低了MRSA分离物中平行SNV距离的中位数,从51到3.
- 在 HERRO 校正的 ONT 族系与 Illumina 生成的族系非常相匹配.
- 使用 HERRO 的 ONT 测序实现了与 Illumina 相似的高分辨率分析,具有足够的读取长度.
结论:
- HERRO 校正提高了用于高分辨率基因组分析的 ONT 测序精度.
- 与 HERRO 结合的 ONT 测序是一种可行的独立选择,用于详细的医院疫情基因组监测.
- 获得足够的读取长度对于完整的染色体覆盖和使用ONT和HERO进行可靠的分析至关重要.
