加速蛋白质样本准备用于基于超快质谱的细胞和组织蛋白质的精确定量分析
Daria D Emekeeva1, Tomiris Kusainova1, Leyla A Garibova1
1V. L. Talrose Institute for Energy Problems of Chemical Physics, N. N. Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, Moscow, 119334, Russia.
Biochemistry. Biokhimiia
|June 27, 2025
概括
快速样品制备方法,包括超声波和微波辐射,对于超快速蛋白质组学至关重要. 这些加速技术保持了与一夜间消化可比的量化准确性,使得高通量蛋白质组分析成为可能.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分析化学 分析化学
- 生物化学 生化学
背景情况:
- 液体染色学/质谱学 (LC-MS) 能够快速量化整个蛋白质组.
- 高通量蛋白质组学需要与样本准备相匹配的数据采集速度.
- 现有的快速样品制备方法缺乏对超快速蛋白质组学的全面比较.
研究的目的:
- 为了比较超声波,微波辐射和高温辅助方法来加速蛋白质的减少,化和消化.
- 评估这些方法在超快速定量蛋白质组学中的性能,使用无标签的LC-MS/MS和DirectMS1.
- 用人类酵母蛋白质组混合物作为标准来评估定量准确性.
主要方法:
- 使用超声波,微波辐射和高温加速蛋白质减少,化和消化过程的比较分析.
- 对Saccharomyces cerevisiae,人类细胞系和冬季小麦芽的超快速枪炮蛋白质组分析.
- 使用无标签的定量LC-MS/MS和无碎片的DirectMS1与5到16分钟LC梯度的验证.
主要成果:
- 减少样品准备时间无意义地降低了减少,化和消化效率.
- 尽管缩短了准备时间,但可复制和蛋白质的识别被保留了.
- 30分钟的微波辅助消化在DirectMS1超快分析中显示出与一夜间消化的可比量化准确性.
结论:
- 加速样本准备方法与超快速蛋白质组学工作流程兼容.
- 微波辅助和一夜间的素消化产生了类似的定量准确性,用于快速蛋白质组分析.
- 优化快速样本准备对于高通量蛋白质组学研究至关重要.
