相关实验视频
Updated: Sep 17, 2025
07:50
Genome-Wide Analysis of DNA Methylation in Gastrointestinal Cancer
Published on: September 18, 2020
5.7K
优化甲基化捕获测序工作流程在口腔状细胞癌患者的甲固定组织中
Minh Phuong Dong1, Kesava Asam2, Carissa M Thomas3
1Department of Oral and Maxillofacial Surgery, School of Dentistry, Loma Linda University, Loma Linda, CA, the United States of America.
Oral oncology
|June 29, 2025
概括
在口腔状细胞癌 (OSCC) 研究中,固定甲嵌入式 (FFPE) 组织是可靠的DNA甲基化分析. 这种方法为大规模的表观遗传学研究提供了一种可扩展的替代新鲜冷组织.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 口腔状细胞癌 (OSCC) 往往是晚诊断的,导致结果不佳.
- 在OSCC发育过程中,DNA甲基化是至关重要的,但由于组织的可用性,分析是有限的.
- 新鲜冷的组织是理想的,但很难获得用于表观遗传研究.
研究的目的:
- 使用FFPE组织建立和优化DNA甲基化分析的工作流程.
- 评估FFPE组织在OSCC中的甲基化捕获测序 (MC-seq) 的可靠性.
- 在OSCC使用FFPE样本进行大规模的表观遗传研究.
主要方法:
- 开发并优化了FFPE组织的MC-seq工作流.
- 收集了12名患者的新鲜冷和FFPE OSCC样本.
- 分析了DNA甲基化概况,并评估了FFPE和新鲜冷样本之间的一致性.
主要成果:
- FFPE和新鲜冷的OSCC样本显示了最小的DNA碎片化差异.
- FFPE样本产生了高的绘图效率,并保留了数百万个CpG站点.
- 在FPE和新鲜冷样本之间的甲基化水平中存在强烈的相关性 (r ≥0.97).
结论:
- FFPE组织是通过MC-seq. 进行DNA甲基化分析的可靠来源.
- 这种工作流提供了一个可扩展和可靠的替代新鲜冷组织的OSCC研究.
- 促进口腔癌的大规模表观遗传研究.
