多基因风险评分的祖先校准改善了非洲裔美国成年人的风险分层和影响估计
Luciana B Vargas1, Mariah C Meyer1, Iain R Konigsberg1
1Department of Biomedical Informatics, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA.
使用遗传血统校准多基因风险评分 (PRS) 提高了对非洲裔美国人2型糖尿病和身高预测的准确性. 这种方法通过考虑特定种群的遗传变异来提高风险评估.
科学领域:
- 遗传学 遗传学是一种遗传学.
- 人口遗传学 人口遗传学
- 生物统计学 生物统计学
背景情况:
- 多基因风险评分 (PRS) 在不同人群中呈现不同的分布,这对准确的风险评估构成了挑战.
- 遗传祖先影响PRS的表现,需要方法来解释特定人口的遗传背景.
研究的目的:
- 评估基于个性化遗传祖先估计的后期PRS校准对PRS性能的影响.
- 在非洲裔美国人中评估PRS校准2型糖尿病 (PRS_T2D) 和身高 (PRS_height) 的有效性.
主要方法:
- 在8,841名来自REGARDS研究的非洲裔美国参与者中利用了PRS_T2D和PRS_高度.
- 校准PRS使用与约鲁巴 (GSYRI) 队列的遗传相似性.
- 在校准后评估PRS性能和重新分类率的变化.
主要成果:
- 未校准的PRS显示了与GSYRI相关的显著偏差.
- 校准改进了PRS_T2D的性能,在顶部十进制中,赔率比率 (OR) 从7.97增加到10.77.
- 校准增强了PRS_height与身高的相关性 (0.24到0.32) 并增加了顶部十分之一的平均身高.
- 发现在回归模型中为GSYRI调整的未校准的PRS产生不稳定的效应大小估计.
结论:
- 通过遗传血统进行后期PRS校准,可以显著提高PRS在多民族队伍中的表现.
- 校准对于准确的PRS风险评估至关重要,特别是在祖先多样化的群体中.
- 在没有适当校准的情况下调整遗传祖先可能会导致偏见的结果.
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