低利用的豆类新型育种资源,Lablab,基于一个泛基因组方法

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 植物育种 植物育种
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 种类基因组表现出显著的存在-缺乏变化,这意味着单个参考基因组是不完整的.
• 编目缺席的基因组区域可以揭示新的遗传物质和适应变异.
• 拉布拉布 (Lablab purpureus) 提供了一个独特的系统,有两个基因库 (野生和养) 用于研究遗传多样性.

研究的目的:

• 使用现有的测序数据,识别出 Lablab purpureus 参考基因组中缺少的基因组区域.
• 通过比较新的基因组区域来研究Lablab内部的基因库特定变异.
• 在Lablab.探索这些新兴地区的潜力,以在未来改善作物.

主要方法:

• 使用的短序读取来自八个Lablab加入.
• 映射读取到参考基因组 (cv. 高沃思) 来识别未映射的 (假定的新) 序列.
• 组装和崩未绘制的阅读成连接.
• 在四个不同的样本 (来自每个基因库的野生/化) 中比较了新型结合体.

主要成果:

• 大约7.7%的测序读取没有与参考基因组映射,表明了新的序列.
• 未绘制的读数被组装成73512,304个连接.
• 通过比较新的结合物,发现了在特定样本子集中存在的序列.
• 低数量的结合体与已知的豆类基因具有相似性,但丰富的基因本体学 (GO) 术语表明了适应潜力.

结论:

• 该研究通过分析未绘制的测序读数,成功地在Lablab中确定了新的,潜在的适应性基因组区域.
• 在新型环境中丰富的GO术语为未来研究基因库特定适应的研究提供了途径.
• 该方法适用于识别其他未充分利用的作物物种的基因组变异.