对于所有灵长类动物的FANS:优化从冷的死后灵长类动物大脑中核的隔离以进行光辅助核分类 (FANS)

科学领域:

• 神经科学是一个神经科学.
• 基因组学就是基因组学.
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.

背景情况:

• 表观遗传变化是细胞类型特异性的,对于理解大脑功能至关重要.
• 在非人类灵长类动物 (NHP) 中常见的死后冷脑组织的分析是具有挑战性的,因为组织降解和髓碎片.
• 现有的单细胞表观基因组方法通常需要新鲜的组织,限制了对宝贵的死后NHP样本的研究.

研究的目的:

• 开发和优化一个协议,从死后冷的黑猩猩大脑皮层中分离完整的核.
• 为了使单细胞表观遗传学分析和细胞类型特定的NHP脑组织表观遗传学研究.
• 为了应对结的NHP脑组织所面临的独特挑战,例如髓碎片和RNA完整性降低.

主要方法:

• 开发了一种协议,用于从少量死后冷的黑猩猩大脑组织中分离核.
• 适应和优化现有的人类大脑组织协议用于NHP样本.
• 包含了减轻髓碎片和改善RNA完整性的步骤.
• 便利核输入单细胞ATAC-seq或光激活核分类 (FANS) 用于甲基组测序.

主要成果:

• 成功地从死后冷的黑猩猩大脑皮层中分离出完整的细胞核.
• 优化的协议解决了NHP脑组织中髓碎片和RNA完整性的挑战.
• 隔离的核适用于下游单细胞表观基因组测定和基于FANS的丰富.

结论:

• 开发的协议提供了一种可靠的方法,可以从死后冷的NHP脑组织中获得高质量的细胞核.
• 这一进步为非人类灵长类动物的细胞类型特异性表观遗传研究提供了便利,扩大了对大脑进化和功能的洞察力.
• 该协议包括故障排除和研究人员使用死后NHP样本进行表观基因组分析的考虑.