提高上呼吸道感染检测能力:利用目标下一代测序来探索qPCR阴性呼吸道样本

科学领域:

• 医学微生物学 医学微生物学
• 传染性疾病 传染性疾病
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 呼吸道感染是一个经常出现的公共卫生挑战.
• 快速准确的病原体鉴定对于及时有效的治疗至关重要.

研究的目的:

• 将目标下一代测序 (tNGS) 与定量实时PCR (qPCR) 的诊断性能进行比较.
• 在呼吸道样本中识别流行病原体和并发感染.

主要方法:

• 在2023年11月15日至12月15日期间采集了574个呼吸道样本 (鼻和鼻拭子).
• 使用qPCR进行初始查,然后对具有不利结果的样品进行tNGS.
• 分析了病原体检测率,确定了特定的微生物代理,并调查了共感染和抗生素耐药性基因.

主要成果:

• qPCR在64.1%的样本中发现了病原体;tNGS在剩余样本的81.1%中检测到病原体.
• 确定了58种不同的病原体,其中H3N2,肺炎菌株,金黄色菌株和白菌株是最常见的.
• 观察到102例混合感染病例,经常涉及H3N2,人类贝塔赫尔佩斯病毒7和S. aureus. 在20例病例中检测到抗生素耐药性基因.

结论:

• 在检测呼吸道病原体方面,tNGS的灵敏度高于qPCR.
• tNGS对于识别H3N2,S. pneumoniae和S. aureus等流行和重大病原体至关重要.
• 建议将tNGS整合到常规临床诊断中,等待进一步研究以制定指南.