普罗西特-XL:通过碎片强度预测增强交联的识别,以研究蛋白质相互作用和结构
Mostafa Kalhor1, Cemil Can Saylan1, Mario Picciani1
1Computational Mass Spectrometry, TUM School of Life Sciences, Technical University of Munich, Freising, Germany.
Nature communications
|July 1, 2025
概括
普罗西特-XL通过准确预测片段强度来改善交联质谱 (XL-MS). 这增强了蛋白质-蛋白质相互作用的发现和病毒相互作用的映射.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 计算生物学 计算生物学
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 谱匹配 (PSM) 的准确性对于在质谱学中自信地识别来说至关重要.
- 传统的评分方法可能是有限的,需要改善复杂分析的方法,如交叉连接质谱 (XL-MS).
研究的目的:
- 引入Prosit-XL,这是一个用于预测XL-MS中的碎片强度的新工具.
- 开发一个数据驱动的rescoring方法,以改善XL-MS的错误发现率估计.
- 加强蛋白质与蛋白质相互作用 (PPI) 的发现,并绘制交互分子组的地图.
主要方法:
- 开发Prosit-XL,用于可切割和不可切割交叉连接器的断片强度预测器.
- 采用 Prosit-XL 预测实现了一个数据驱动的 rescoring 策略.
- 验证了合成和蛋白质基因规模数据集的方法,包括人类细胞巨乳病毒病毒.
主要成果:
- 普罗西特-XL在各种数据集中展示了高精度和一致的性能.
- 恢复方法有效地限制了对错误发现率 (FDR) 的高估.
- 在PPI发现方面取得了3.4倍的改进,并增加了病毒互动组图的覆盖范围.
结论:
- 普罗西特-XL显著增强了XL-MS中的鉴定和PPI发现.
- 开发的复刻方法提高了XL-MS数据分析的可靠性.
- 普罗西特-XL促进了对复杂的生物系统和病毒相互作用的更深入的了解.
