来自全球海洋的普遍原料与生命的三个领域的有机体的特征
Jesse McNichol1,2, Nathan L R Williams3, Yubin Raut1
1Department of Biological Sciences-Marine and Environmental Biology, University of Southern California, Los Angeles, California, USA.
全球rRNA通用元编码浮游生物数据库 (GRUMP) 为海洋微生物生态学提供了统一的数据集. 它可以直接比较各种海洋环境中的微生物社区结构.
科学领域:
- 海洋微生物生态学
- 转基因组学是指转基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 之前的全球海洋微生物研究由于尺寸分化和各种原料使用而面临限制.
- 不一致的方法阻碍了微生物群落的跨领域和跨部分比较.
研究的目的:
- 为标准化的海洋微生物分析引入全球rRNA通用元编码浮游生物数据库 (GRUMP).
- 为了使各种海洋样本中细菌,古生物和真核生物的直接,可比量化.
主要方法:
- 利用了从2003年至2020年期间在全球收集的1194个海水样本.
- 采用515Y/926R通用三域rRNA基因原始体用于DNA放大.
- 对细菌,古生物和真核生物的安普利康序列变异 (ASV) 的量化相对丰富度.
主要成果:
- GRUMP包含来自所有主要海洋盆地的广泛的度,纵度和深度数据.
- 通用原始方法允许直接比较样本中的微生物种群比率.
- 平均rRNA基因丰富度:71%的细菌,19%的真核生物,8%的古生物,在更高的度处具有更高的真核生物贡献.
结论:
- GRUMP为全球海洋微生物动态研究提供了一个标准化资源.
- 该数据库有助于对海洋区域和深度的微生物群落进行前所未有的比较分析.
- 在CMAP上公开的可用性促进了海洋科学领域的全球合作和发现.
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