一个高质量的染色体层次的基因组组装Eucalyptus globulus Labill Labill
Xuexian Li1, Hua Li1, Zhuangyue Lu1
1The Key Laboratory of Forest Resources Conservation and Utilization in the Southwest Mountains of China Ministry of Education, Southwest Forestry University, 650224, Kunming, China.
我们介绍了Eucalyptus globulus的最完整的染色体级基因组组合,Eucalyptus是树油的重要来源. 这种高质量的基因组将有助于了解石油积累和改善这种重要的植物资源.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 植物科学 植物科学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 欧卡利普斯球球 Labill. 球球. 是树油提取的主要来源.
- 了解E. globulus的遗传构成对于优化石油生产和植物改进至关重要.
研究的目的:
- 为了生成高质量的,染色体水平的基因组组装Eucalyptus globulus.
- 为研究树油积累的分子机制提供基础资源.
主要方法:
- 利用HiFi长读数,Illumina短读数和Hi-C数据的组合进行基因组组.
- 使用BUSCO来评估基因组完整性和定序列的染色体.
- 预测和功能注释的蛋白质编码基因和识别的重复序列.
主要成果:
- 组装了一个556.98 Mb的基因组,具有高结合性 (37.93 Mb) 和脚手架 (54.03 Mb) N50值.
- 实现了98.30%的完整性,并将99.05%的基因组定在11个染色体上.
- 确定了52.55%的重复序列,并预测了36387个蛋白质编码基因,具有96.80%的功能注释.
结论:
- 这项研究提供了迄今为止最完整的Eucalyptus globulus基因组组合.
- 基因组组装揭示了与相关的树种类的强大保护.
- 该资源将促进对白树油生物合成和基因改进策略的研究.
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