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Updated: Sep 17, 2025
08:25
Identification of Circular RNAs using RNA Sequencing
Published on: November 14, 2019
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从总RNA中挖掘,验证和量化循环RNA转录组作为生物标志物或标
Tan Ze Wang1, Raj Kumar Thapa2, Frank Yu3
1Department of Pathology and Laboratory Medicine, Western University, London, ON, Canada.
Scientific reports
|July 2, 2025
概括
败血细胞中的循环RNA (circRNAs) 随着感染的严重程度而发生变化. CircASPH ((2,3,4)) 显示了毒症严重程度和在重症监护室 (ICU) 停留时间的临床指标的潜力.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 关键护理医学 关键护理医学
背景情况:
- 循环RNAs (circRNAs) 涉及复杂疾病,并作为潜在的生物标志物.
- 败血症是重症监护室 (ICU) 中的主要死亡原因,有效治疗方法有限.
- 从总RNA测序 (RNA-seq) 数据中识别和验证circRNAs存在重大挑战.
研究的目的:
- 使用RNA-seq. 鉴定出性外周血液单核细胞 (PBMC) 中的circRNA转录组的特征.
- 评估和比较用于circRNA识别的常见对齐器.
- 优化circRNAs的验证方法,特别关注败血症患者.
主要方法:
- 周围血液单核细胞 (PBMCs) 被分离出了在ICU入院和出院时的败血症患者.
- 总RNA被提取并接受RNA测序.
- 使用四种不同的生物信息管道进行了circRNA分析,并使用定量逆转录PCR (qRT-PCR) 进行验证.
主要成果:
- 产生了一个circRNA转录组,TopHat显示高灵敏度和MapSplice在评估的对齐器中显示高准确度.
- 败血性PBMC中的circRNA表达在ICU入院时比出院时更丰富,更少多样化.
- 从ASPH基因中确定了两个圆形RNA异型 (circASPH(2,4) 和circASPH(2,3,4);circASPH(2,3,4) 水平与重症监护室停留时间相关,并显示出潜在的疾病严重程度指标.
结论:
- 从总RNA-seq数据中确定circRNA转录组是可行的.
- 使用反向原始剂优化逆转录PCR (RT-PCR) 可提高circRNA验证的准确性和可重复性.
- 败血性PBMC中的circRNA转录组随着感染的严重程度而演变,突出显示circASPH ((2,3,4) 作为败血症严重程度的潜在临床生物标志物.
