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Updated: Sep 17, 2025
07:58
Cell-Free DNA Integrity Analysis in Urine Samples
Published on: January 5, 2017
13.9K
从血和尿液中提取无细胞DNA的效率的变异性评价和spike-in正常化
Fanny Sandberg1,2, Nicholas Kueng1,2, Carlo Rodolfo Largiadèr2
1Graduate School for Cellular and Biomedical Sciences, University of Bern, Bern, Switzerland.
Scientific reports
|July 2, 2025
概括
这项研究评估了无细胞DNA (cfDNA) 提取方法,发现可复制的效率,但与生物因素相比,对整体变异性的影响最小. 与肌素的正常化减少了尿路cfDNA的变异性.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 无细胞DNA (cfDNA) 作为瘤学和移植中的生物标志物具有前景.
- 尿路cfDNA正在成为一种非侵入性生物标志物.
- 缺乏对cfDNA提取方法的标准化,导致效率和尺寸特异性变化.
研究的目的:
- 评估不同cfDNA提取方法的变异性.
- 为了比较提取效率对cfDNA总体数量变化的贡献.
- 评估尿路cfDNA的正常化策略.
主要方法:
- 评估了三个cfDNA提取套件:QIAamp循环核酸套件,Zymo快速DNA尿液套件和Q Sepharose协议 (Qseph).
- 使用CEREBIS的人工尖端来评估提取效率.
- 使用滴滴数字PCR (ddPCR) 量化cfDNA.
- 使用尿氨酸和基于CEREBIS的提取效率评估正常化.
主要成果:
- 观察到可重复的,方法特定的提取效率 (例如,QIAamp的84.1%,Zymo的58.7%,使用CEREBIS尖端的Qseph的30.2%).
- 与生物变异性相比,从提取中产生的技术变异性是可以忽略不计的.
- 肌素正常化降低了尿路cfDNA的变异性;CEREBIS正常化并不总是有好处.
结论:
- cfDNA提取方法表现出可复制但明显的效率.
- 提取变异性对整体cfDNA数量变异的贡献很小.
- 肌素正常化对尿路cfDNA有效;CEREBIS正常化对例行分析具有有限的益处,但可能有助于方法之间的比较.
