iDOM:通过高分辨率质谱学特征的溶解有机物质的统计分析
Fanfan Meng1,2, Ang Hu1, Kyoung-Soon Jang3
1State Key Laboratory of Lake and Watershed Science for Water Security, Nanjing Institute of Geography and Limnology, Chinese Academy of Sciences Nanjing China.
一个新的R包,iDOM,简化了FT-ICR MS.的复杂溶解有机物 (DOM) 数据的统计分析和可视化. 它有助于理解DOM.
科学领域:
- 环境化学环境化学
- 生态生态学 生态生态学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 溶解有机物 (DOM) 对生物地化学循环至关重要,但其复杂的分子组成挑战了生态解释.
- 像FT-ICR MS这样的仪器技术的进步产生了大量的DOM数据,需要复杂的分析工具.
- 目前的统计和可视化方法很难将DOM的分子复杂性与生态机制完全整合起来.
研究的目的:
- 开发一个R包,iDOM,用于对FT-ICRMS衍生的DOM数据进行全面的统计分析和可视化.
- 为处理各种DOM数据类型提供工具,包括分子组成,特征和"暗物质".
- 促进DOM数据与环境和微生物数据的整合,以探索生态驱动因素.
主要方法:
- 开发了R包"iDOM"的功能,用于基本和高级统计分析.
- 实现对DOM分子数据的可视化工具.
- 整合能力,以整合环境和微生物数据集.
- 使用实例研究与实验变暖数据进行演示.
主要成果:
- 该iDOM包提供了用于分子特征计算,类分配和化学多样性分析的功能.
- 先进的功能允许量化DOM组装过程和评估"暗物质"影响.
- 该软件包可以分析DOM和微生物之间的生态网络,以及它们对环境变化的反应.
- 案例研究说明了该包在分析在变暖下DOM微生物相互作用方面的实用性.
结论:
- 该iDOM包提供了一个统一的管道,用于对DOM数据进行统计分析.
- 它弥合了FT-ICR MS化学表征和生态解释之间的差距.
- 预计iDOM将推动DOM在水生和陆生生态系统中的作用的研究.
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