从单个小鼠的FFPE幻灯片中获得的空间转录和形态功能信息,允许对肺纤维化进行深入的指纹识别
Erica Ferrini1,2, Costanza Bonfini1,3, Giovanna Marchese4,5
1Molecular Imaging Facility, Experimental Pharmacology & Translational Science Department, Chiesi Farmaceutici S.P.A, Parma, Italy.
Respiratory research
|July 3, 2025
概括
固定在甲上,嵌入 (FFPE) 的肺片是RNA测序 (RNAseq) 的可行来源,为纤维化肺病提供了空间洞察力. 这种方法增强了对分子变化的理解,并有助于生物标志物的发现.
科学领域:
- 肺部医学 肺部医学
- 分子生物学分子生物学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 通过RNA测序 (RNAseq) 进行转录组分析对于了解疾病机制至关重要.
- 新鲜组织是RNAseq的首选,但它的局限性需要替代方法.
- 固定在形式素和嵌入式胺 (FFPE) 的组织为空间转录组分析提供了潜力.
研究的目的:
- 评估RNAseq在单个FFPE肺部幻灯片上的可行性,这些幻灯片来自对照和白素治疗的小鼠.
- 为增强机械洞察力生成面向空间的转录组数据.
- 整合转录组数据与体内和体外读取生物标志物和纤维化肺部疾病中的目标发现.
主要方法:
- RNAseq是在对照小鼠和白素治疗小鼠的单个FFPE肺部幻灯片上进行的.
- 结果与新鲜冷 (FF) 组织数据和人类异常性肺纤维化 (IPF) 活检进行了验证.
- 无监督的集群分析确定了群体之间的差异表达基因 (DEG).
- 皮尔森相关性将基因群表达与阿什克罗夫特分数和微型CT评估的空气化进行了比较.
主要成果:
- 超过90%的FFPE数据集中的基因与FF数据集中的签名相匹配.
- 关键基因集群与细胞外矩阵组织,组织重塑和炎症有关.
- 基因群表达与组织学和微型CT成像数据有很强的相关性.
结论:
- 对于RNAseq来说,FFPE肺组织是新鲜组织的有价值的替代品,提供空间转录基因数据.
- 这种方法可以准确地描述肺部疾病中的分子变化.
- 它有助于对成像数据进行知情解释,有助于识别转化生物标志物和治疗点.
