冷血样本的微生物组揭示了野生鸟类和动物的潜在病原体

科学领域:

• 野生动物疾病生态学 野生动物疾病生态学
• 微生物基因组学 微生物基因组学
• 病原体监测 病原体监测 病原体监测

背景情况:

• 野生动物病原体的基因组数据对于疫情调查至关重要,但往往缺乏.
• 数以百万计的野生动物样本,包括血液,在全球生物库中存储.
• 最近的证据挑战了血是无菌的传统观点,特别是在野生动物中.

研究的目的:

• 评估16S测序在冷存储的血上用于病原体检测的实用性.
• 为了确定血DNA提取套件是否会影响野生动物中的病原体鉴定.
• 了解生物储存血液样本在病原体监测中的潜力.

主要方法:

• 来自鹿小鼠和美国小鼠的冷存储等离子体使用16S rRNA基因测序进行了测序.
• 两种不同的DNA提取套件进行了比较,以确定它们的有效性.
• 分析了测序读数,以确定样本中存在的微生物属和类.

主要成果:

• 血样本,即使经过长期存储 (7-13年),也产生了可检测的微生物DNA.
• 与其他套件相比,针对血进行优化的Zymo DNA提取套件产生了更高质量的读数.
• 在样本中确定了包括*Mycoplasma*,*Escherichia-Shigella*和*Bartonella*在内的致病性属.

结论:

• 低温存储野生动物血的16S测序是发现病原体的可行方法.
• 这种方法可以揭示潜在的储库宿主,提高对疾病传播系统的理解.
• 利用现有的生物库样本为病原体监测和疫情追踪提供了一个具有成本效益的策略.