样品多重化对检测细菌和抗菌素耐药性基因在猪微生物组使用长读测序测序的影响

科学领域:

• 转基因组学是指转基因组学.
• 基因组学就是基因组学.
• 微生物生态学 微生物生态学

背景情况:

• 甲基因组测序对于对抗微生物耐药性基因 (ARG) 和病原体的监测至关重要.
• 样本多重复合对牛津纳米孔技术 (ONT) 等较新的测序技术的影响尚不清楚.
• 了解多重效应对于优化监控策略至关重要.

研究的目的:

• 评估不同样本多重复合水平 (4-plex vs. 8-plex) 如何影响ONT GridION和PromethION平台上的ARG和病原体检测灵敏度.
• 确定多重复合对细菌群体和抗体形的影响.
• 评估多重传输效率,成本和监控应用数据质量之间的权衡.

主要方法:

• 在ONT GridION和PromethION上的4倍数和8倍数测序的比较.
• 对抗微生物耐药性基因 (ARG) 和细菌种群检测敏感性的分析.
• 对抗体和细菌群体组成的评估.
• 通过三倍的运行来评估测序变异性.

主要成果:

• 总体抗体和细菌群体的概况在多重复合水平上是可比的.
• 4复数测序显示,更全面地检测出低丰度的ARG和更广泛的低丰度细菌种群 (病原体).
• 序列变异性,而不是多重化水平,是低丰度基因检测不一致的主要驱动因素.

结论:

• 八个复合体测序对一般监测具有成本效益,可以捕捉整体社区和抗体组合.
• 四复数测序为检测低丰富度的ARG和病原体提供了更高的灵敏度,适合详细研究.
• 超基因组研究必须根据特定应用需求平衡多重复合效率,测序深度和成本.