BgDB:一套全面的苦瓜基因组资源信息系统,用于加速繁殖计划

科学领域:

• 基因组学和生物信息学
• 植物科学 植物科学
• 农业生物技术 农业生物技术

背景情况:

• 苦瓜 (Momordica charantia L.) 是一种有价值的药用蔬菜,具有显著的降糖和降脂特性.
• 对于苦的日益增长的需求,需要加强育种,以改善基因型特征.
• 现有的基因组信息是分散的,阻碍了先进的育种和基因编辑工作.

研究的目的:

• 开发一个全面的,用户友好的苦 (Momordica charantia L.) 的基因组资源.
• 将分散的基因组数据整合到一个用于辅助繁殖和基因编辑的单一平台上.
• 为了促进分子变异,非编码RNA,转录因子和转录的表征.

主要方法:

• 开发一个三层,用户友好的数据库 (BgDB).
• 整合来自全基因组和重新测序项目的数据.
• 基因组特征的全面注释,包括转录,基因,SSR,原始体,SNP/indels,ncRNA,转录因子,调节器和QTL.

主要成果:

• BgDB平台托管了大量的基因组数据:114,598个转录,4,914个差异表达的基因,32,570个SSR标志物和162,850个原始物.
• 详细的注释包括苦特定的SNP / ,长非编码RNA,圆形RNA,微RNA,1,220个转录因子,295个调节器和146个QTL.
• 该数据库为遗传多样性分析,品种差异化和特征优化提供了重要资源.

结论:

• BgDB是苦品种育种计划的重大进步,使得具有理想的社会和经济特征的品种的发展成为可能.
• 该资源促进了对监管性ncRNA元素,关键转录和转录因子的深入探索.
• 在BgDB中发现QTL将加速开发具有提高生产力的苦品种.