在狗阴道微生物组研究中的标准化方法:储存的评估,宿主DNA的枯竭和数据库选择选择
Lotte Spanoghe1, Guillaume Domain1, Florin Posastiuc1,2
1Department of Internal Medicine, Reproduction and Population Medicine, Faculty of Veterinary Medicine, Ghent University, Merelbeke, Belgium.
Microbiology spectrum
|July 8, 2025
概括
标准化犬阴道微生物组分析至关重要. 这项研究发现存储方法和宿主DNA枯竭的影响最小,但参考数据库选择显著影响结果,指导未来的研究.
科学领域:
- 兽医微生物学 兽医微生物学
- 狗的生殖健康 狗的生殖健康
- 下一代测序 (NGS) 是指下一代的测序.
背景情况:
- 缺乏用于犬阴道微生物组调查的标准化方法.
- 目前的下一代测序 (NGS) 数据有限且不一致.
- 微生物组分析对采样,储存,DNA提取和参考数据库都很敏感.
研究的目的:
- 评估影响犬阴道微生物组分析的关键方法因素.
- 为在狗身上进行一致可靠的微生物组研究提供实际指导.
- 为改善对犬类生殖健康的理解奠定基础.
主要方法:
- 两种样本存储方法的比较 (介质与没有介质).
- 评估宿主DNA枯竭对细菌组成的影响.
- 评估两个参考数据库 (Emu和SILVA) 的微生物组概况.
- 分析了来自6只母狗的样本 (共26个样本).
主要成果:
- 主体DNA的枯竭并没有显著改变细菌的组成.
- 样品储存条件对微生物组结果没有显著影响.
- 根据使用的参考数据库观察到β多样性的显著差异.
结论:
- 参考数据库的选择对于准确的犬阴道微生物组分析至关重要.
- 建立的协议对于可复制和可比的狗微生物组研究至关重要.
- 这项工作支持开发用于犬阴道微生物组研究的标准化方法.
